Il protagonista di Resident Evil 4 è l'agente Leon Scott Kennedy, ex poliziotto scampato all'incidente di Raccoon City avvenuto sei anni prima (Resident Evil 2 e 3). Adesso Leon è un agente al servizio del Governo degli Stati Uniti d'America. Leon viene incaricato di ritrovare Ashley Graham, la figlia del presidente, rapita da soggetti sconosciuti e portata in un piccolo villaggio europeo (probabilmente in Spagna, anche se sussistono degli anacronismi). Leon ha quindi il compito di trovare Ashley e riportarla a casa, oltre che scoprire cosa è successo a un altro agente inviato a cercarla e poi scomparso.
Arrivato nello sperduto villaggio dove avrebbe dovuto trovarsi Ashley, Leon si imbatte negli abitanti del luogo, che per qualche ragione si rivelano essere estremamente ostili. Nel corso delle ricerche, Leon scoprirà poi che sono loro i responsabili della morte dell'agente scomparso. Tutti gli abitanti del luogo sono infatti membri di una setta religiosa di fanatici che si fanno chiamare Los Illuminados (gli illuminati). A capo di questa setta è un certo Lord Osmund Saddler, che si rivela essere anche responsabile del rapimento di Ashley, apparentemente a scopo di riscatto. Leon ritroverà Ashley, e incontrerà poi anche un certo Luis Sera, apparentemente un ricercatore, che lo aiuterà fornendogli delle informazioni su quanto stava realmente accadendo in quel luogo.
Los Illuminados
Nel villaggio erano stati effettuati dei normali scavi di miniera, e in uno di questi erano state ritrovate delle "spore" che, come un virus, avevano infettato i minatori che le avevano inalate. Conducendo su queste spore delle ricerche (a cui anche Luis sembrava aver partecipato) si era scoperto che erano in realtà degli ovuli disseccati di un organismo parassita da lungo estinto, almeno apparentemente, che si erano poi risvegliati e schiusi nei corpi dei minatori che li avevano ingeriti incidentalmente. questi parassiti vennero ribattezzati Las Plagas (le piaghe). I parassiti erano in grado di infestare a lungo un corpo ospite, modificandone il comportamento secondo necessità, mentre le Plagas crescevano, si sviluppavano nel corpo infestato fino a trasformarlo in un vero e proprio mostro. Lord Saddler aveva sfruttato queste proprietà delle Plagas, infettando con le spore se stesso e tutti gli abitanti del luogo, creando la setta degli Illuminados, mentre i poteri delle Plagas gli consentivano di esercitare un controllo totale su tutti i soggetti infestati. In questo episodio troveremo anche Ada Wong, già incontrata in Resident Evil 2. A questo punto Lord Saddler aveva formulato un piano per rapire la figlia del presidente con l'apparente scopo di ottenere un riscatto, ma che in realtà sarebbe servito a diffondere l'infezione, in quanto Ashley era stata di proposito infettata con un ovulo, in modo che, una volta tornata in patria, avrebbe diffuso l'infestazione. Anche Leon era stato infettato dalle plagas di modo che, una volta totalmente assoggettato alla volontà di Saddler, non sarebbe più stato d'intralcio ai piani degli Illuminados.Ed erano in grande pericolo.
La storia continua
Leon ritrova Ashley chiusa in uno stanzino di una chiesa locale dedicata al culto degli Illuminados; è qui che incontra anche per la prima volta il responsabile di tutto, Lord Saddler. Leon sarà aiutato da Ada Wong, una spia al servizio di Albert Wesker incaricata di recuperare il campione di Plagas di Saddler, Luis Sera e dall'agente Hunnigan (il suo contatto via radio) e dovrà affrontare le creature mostruose e spesso enormi generate dalle Plagas, al servizio di Saddler.
Leon si troverà ad attraversare un enorme lago, in cui si scontrerà con un enorme mostro palustre ovvero Del Lago; sconfitto il mostro dovrà prendere la chiave della chiesa locale e tornare indietro. A questo punto affronterà un enorme mostro chiamato El Gigante che si rivela essere una manipolazione delle "Plagas". Quindi affronterà il capovillaggio in un capannone abbandonato. Insieme ad Ashley e ancora perseguitato da una massa infinita di paesani infuriati, Leon si troverà a raggiungere un castello medievale, in cui dovrà difendersi dal mostruoso Salazar, uno dei fidi di Saddler, che li manderà contro ogni avversario possibile (il Garrador, i Novistadores, il Verdugo). Proseguendo nel castello verrà separato nuovamente da Ashley, che poi libererà, e con lei si farà strada in una grande cattedrale degli Illuminados. Ashley verrà però nuovamente rapita, e Leon costretto alla sua ricerca, si troverà prima in una profonda miniera in cui troverà due El Gigante, per poi sbucare in un grande santuario sotterraneo. Sconfiggerà quindi Salazar e verrà portato da Ada nell'isola dove è rinchiusa Ashley. Leon ritroverà Ashley in una vecchia struttura collegata a un complesso di laboratori di ricerca sulle Plagas, che attraverserà incontrando mostruosi avversari come i Regeneradores e gli Iron Maiden. Ashley verrà poi rapita nuovamente da Saddler, e Leon dovrà sconfiggere prima l'IT e poi Jack Krauser per ritrovarla, oltre ad una marea di soldati in varie basi militari. Dopo averla liberata, Leon metterà definitivamente fuori combattimento Saddler, con l'aiuto di Ada, in uno scontro spettacolare. Distrutto Saddler e le Plagas, Leon termina la missione riportando Ashley a casa.
